中国医学科学院系统医学研究院/苏州系统医学研究所（简称系统院）位于苏州独墅湖科教区，毗邻苏州工业园区生物医药产业园，是由中国医学科学院北京协和医学院与江苏省、苏州市、苏州工业园区合作共建的国家级医学研究机构。
系统院聚焦系统医学领域重大科学问题，以重大疾病发生发展机制和关键瓶颈防治为主攻方向，以承担重大疾病共性机制研究、免疫与炎症两个全国重点实验室建设为重点，探索新的组织模式、创新范式和管理机制，着力发展新型细胞治疗、基因编辑、大数据科学与人工智能、生命组学等前沿技术，目标建设成为国际一流、中国特色、苏州优势，基础与转化相辅相成，具有引领性运行机制、创新体系、人才队伍的科研机构。
系统院现有省级院士工作站、海外院士联合实验室、18个独立课题组，现有课题组负责人70%从海外引进，70%入选医科院准长聘教职序列，50%获得国家级人才项目。系统院为北京协和医学院研究生和博士后培养单位，现有博士生导师17名、硕士生导师5名，覆盖细胞生物学、生物化学与分子生物学、生物物理学、生物医学工程、免疫学、病原生物学等招生专业。
系统院建设有高通量测序和高性能计算、免疫功能检测分析、实验动物中心、RNA和蛋白质技术平台等5个平台，已取得包括实验动物使用许可证、生物安全二级实验室证书等资质，获得了江苏省产学研联合重大创新载体（新型研发机构），苏州市重点实验室、苏州市新型研发机构等平台项目。
2021年4月，中国医学科学院北京协和医学院与苏州市、苏州工业园区签署全面战略合作协议，共建“国家医学科技创新体系核心基地苏州基地”。依托系统院，苏州基地计划于2026年完成8万平方米新增场地建设，集聚一批具有创新性、战略性思维的高层次人才，打造系统医学创新创业人才高地。